Мне преподавали так: это темная история и есть аргументы как за убийство, так и против. Одни источники говорят о естественной смерти, другие об убийстве. Исследователи тоже разделились (есть Карамзин и есть Лихачев).

Если Вам преподавали только одну из версий, то это не проблема истории, а проблема низкого уровня преподавания конкретно Вашей бурсы.

P.S. А что там с экспертизой? Вы про превышение ртути? Так там у всех образцов это превышение значительное, причем у царевича Ивана даже не самое большое. Тут проблема или в методике исследования или в особенности прижизненного быта исследуемых.