Через год Бородюк был приглашён на должность главного тренера сборной Казахстана и 27 февраля 2017 года подписал контракт на три года[17].
17 июня 2017 года Бородюк, единственный из всех футбольных тренеров, по приглашению руководства России присутствовал на матче открытия Кубка конфедераций (Россия — Новая Зеландия) в почётной ложе[18].
Руководимая им сборная Казахстана в отборе на ЧМ-2018 не одержала ни одной победы и проиграла 6 матчей из семи[19], а сам Бородюк удостоился звания худшего тренера сборной Казахстана за последние 12 лет[20].
9 января 2018 года после заседания федерации футбола Казахстана, признавшей его работу неудовлетворительной, подал в отставку[21], но официально ушёл с поста только через две недели [22].
Невероятное резюме.
